Она находит голодного Нагато и дает ему кусочек своего хлеба. Позже она приводит его к Яхико, который жалуется на то, что им придется кормить еще и собаку. Когда Яхико и Нагато в войне теряют своих родителей, они ищут помощи у Легендарной Троицы. Вместе с Яхико и Нагато, Конан становится ученицей Джирайи на протяжении трех лет. Ее родители погибли на войне, другие родственники неизвестны. Джирайя единственный, кто помогает им, после чего Конан дарит ему цветок из бумаги для кексов. Джирайя решает тренировать их. Позже, когда им удается элиминировать клона Джирайи, он говорит что они подросли и отпускает их. Они даже сегодня называют его Сенсей, хотя отвернулись от него уже давно. Она, как и Нагато, становится членом "Группы бунтарей", созданной Яхико. Ее похищают, после чего Яхико соглашается подписать с Ханзo мирный договор. Когда Нагато и Яхико находят ее, то ее держат в качестве заложника и используют против Нагато: Ханзo убьет ее, если он не убьет Яхико. Самоотверженно она просит Нагато не делать этого, но Яхико хватает руку Нагато с Кунаем и пронзает им себя. До нападения Пэйна на Коноху Конан находилась с ним в Амегакуре. Она нашла Джирайю, который проник в деревню. В то время как Нагато готовил свои тела к сражению, Конан должна была остановить Джирайю и, если возможно, убить. Но против ее бывшего мастера у Конан не было ни одного шанса. Саннин смог облить ее бумагу маслом, после чего она стала непригодной, а Конан беззащитной. Но Chikushodō прибыл вовремя, что бы вступпить в бой. Во время нападения на Коноху Конан держится в тени, между тем как тела Нагато выполняют основную задачу. Она тоже пытается выяснить где находится Наруто, охватывая бумагой шиноби низких уровней и расспрашивая их, до тех пор пока ее не прерывает клан Абураме. После маленькой конфронтации она отступает. Когда все шесть путей Пэйна предстают перед прибывшим Наруто, она находится в высоком бумажном дереве вместе с Нагато за пределами Конохи. Между тем как Нагато руководит нападением на Наруто, она призывает его не переутомиться. Однако тот решил захватить Наруто любой ценой. Позже, когда все шесть тел побеждает Наруто, он раскрывает для себя все секреты, стоящие за ними и в состоянии найти место нахождение Нагато. Тот уже слишком ослаблен, что бы сопротивляться Наруто. Конан собирается встать между Нагато и атакой Наруто, но тот может подавить свою злость и выслушивает слова Нагато. Во время разговора Наруто удается убедить Нагато в том что есть другой путь к миру. Нагато начинает полностью верить в то что Наруто тот, кто принесет миру мир и исправляет свои ошибки. Когда Нагато использует свою финальную технику, Гедо Ринне Тенсей но Дзюцу, она предупреждает Нагато, напоминая о его небольшом количестве чакры. Но уже поздно. Нагато использует свою жизненную энергию что бы оживить жителей Конохи, которых он убил при нападении на Коноху. После смерти Нагато, она говорит Наруто что тоже верит в него. На прощание она дает Наруто букет бумажных цветов. Она надеется, что это "Цветы надежды". Надежды, которая никогда не умрет. После этого она забирает тела Нагато и Яхико с собой в деревню дождя, которую она с тех пор возглавляет. Не имея причин оставаться в Акацки, она покидает организацию. Позже в Амегакуре появляется Мадара и встречает Конан. Мадара намерен взять себе Риннеган Нагато. Конан отказывается отдавать ему тело Нагато и говорит, что хочет убить Мадарy. После чего Мадарa отвечает, что он ее не пощадит. Начинается новая битва. Так как Конан наблюдала за Мадарой и разузнала все слабости его техники онa выяснила, что он может быть в бестелесной форме только 5 минут. Поэтому она заманила его в озеро, полное взрывных печатей и организовала 10 минут бесконечных взрывов, потратив всю свою чакру. Несмотря на то что атака поразила Мадару, он выжил используя Изанаги и пронзает Конан чем то похожим на заостренный бамбуковый шест, говоря, что он воплощение темноты, от которой завянут ее надежды. Когда иллюзия Изанаги заканчивается, Конан умирает а Мадара, с помощью своего Шарингана, узнает место нахождения Нагато. Кольцо конан, средний палец на правой руке.
